吏司，管官吏任免、考核、升降等事；户司，管土地户口、赋税财政等事；礼司，管典礼、科举、学校等事；兵司，管军事；刑司，管司法刑狱；工司，管工程营造、屯田水利等事”。
各司长官为尚书，副职为侍郎。下设郎中，副职称员外郎，下属官员再设有主事等。
六司暂不设正职，以曾让居吏司侍郎，凌震东居户司侍郎，吕义居礼司侍郎，乾震居兵司侍郎，郎云居刑司侍郎，铁道居工司侍郎。
六司侍郎，官为从三品。
六司由秦霜统管，又建商司，凌润为商司侍郎，商司关系商贸收入，目前是最大的财政收入部门，云乘风直管。
另又改十七司为锦衣卫，设卫使，官为从三品，凌南任职。为免锦衣卫渎职导致情报收集不实，又令郎云在刑司下设六扇门，负责收集信报，正法除奸。
商司、锦衣卫皆是云乘风直管，六扇门由郎云直管，但每日需要呈送报文交秘文阁批阅。
之后又报陕西各府城郡县的任职，都由秘文阁指派侍从文书为秘书郎参政。
这么多官职设置下来，云乘风再次感觉人才欠缺，幸得徐元朗主事文政，早在攻城伐地时就从各府衙郡县招收了许多文士，此时才解了人才欠缺之急。