衣卫和东厂，在用人和管理制度上有极大的区别。东厂是纯招聘式的，一旦录用就是合同工，随时可以辞退或者解除劳动关系。为此东厂的人对自己的上级绝对服从，不敢不听从上司的号令。这么做虽然可以上下一心，但是容易公器私用，所以东厂的派系林立，有些人只听自己老大的话，其他人指挥不动他们。锦衣卫的用人制度是沿用军队的，施行军户管理制度，不用担心锦衣卫的人会背叛自己的组织。由于是世袭制的，父亲的手艺传给自己的儿子，一代又一代传下来，不但不会失传而且不会有藏私的，所以不用担心留一手。不过也是由于是世袭制的，所以大家都没有上进心，也容易因为是世交或者发小相互包庇。
锦衣卫从最低级的帮闲开始，向上是力士、校尉、将军、小旗、总旗、试百户、百户、副千户、千户、镇抚使、指挥佥事、指挥同知、指挥使。除了最低级的帮闲是临时工外，其他的都算是锦衣卫的正式职工。不过只有到了小旗级别之后，才正式算是锦衣卫的成员，享受官员待遇和福利。朝廷对锦衣卫没有管理权，也没有监督权，只有东厂对锦衣卫才有监督权。不过朝廷为了遏制锦衣卫的势力和权力，强制性的规定了锦衣卫上层官员的人数，不然他们不同意保留锦衣卫。为此历代皇帝只好默许