但实际上，军队已经改变了计划，不太可能会派遣队伍大规模的上岸搜救了。
事实上，日本人口最多的本州、四国，这原本是精华地区，但现在已经成为了棋子。此时，北海道和九州岛，则是日本高层备用的生存基地。
因为，北海道和九州岛，本来人口数量也就几百万人，即使也爆发了死体危机，但集中了超过十万军队，加上联合美国驻日的军队，清理这两座岛上的死体，还是没问题的。
而本州岛和四国岛上的一亿多死体又没有掌握游泳技能，不可能渡海攻击北海道和九州岛。
然而，先期撤退到北海道和九州岛的难民里面，混入了不少感染者。造成了北海道和九州岛被收复的地方，再度沦陷，造成了幸存者伤亡的惨剧。而日本的高层再度逃亡到海上，结果，北海道和九州岛两地，开始拒绝承认逃到海上的日本政权的合法性。
于是，日本合法政权出现了分裂，分别是海上日本政权，掌握了大部分海军和船舶，且跟驻日美军关系很好。
九州岛政权和北海道政权，则是靠着两座岛屿地广人稀的优势，获得了相对安全的根据地，各自拥有几十万人口。但这两个政权，完全满足于在岛屿上苟且偷生，并没有足够船舶和军队去日本本土登