内丹修炼为主的金丹派主要是陈致虚称南宗，将王重阳所传则称为北宗。当宋元时期全真道在北方发展时，南宋地区亦有专主内丹修炼的道派，称作金丹派南宗。该派以张伯端为创始人，其特点是修炼时主张先修命，后修性。元朝统一江南后，南宗与全真道北宗合并，共尊东华帝君、钟离权、吕洞宾、刘海蟾、王重阳为五祖，传北七真即全真七子：马钰、谭处端、刘处玄、丘处机、王处一、郝大通、孙不二、南七真张伯端、刘永年、石泰、薛道光、陈楠、白玉蟾、彭耜。南北宗合并后仍称全真道，为后世道教的主要宗派。后来全真道内部又衍化出众多支派，如南宗有清修派和双修派，北宗全真七子亦各传一派，其中邱处机所传全真龙门派最为昌盛。
王重阳羽化登真后，由弟子马钰、谭处端、刘处玄、丘处机等陆续接任掌教。王处一曾应金世宗的邀请进宫讲授道学。邱处机于1219年远去西域行宫会见成吉思汗，大得推崇。赠给金虎牌、全真主教真君邱祖
玺书，请他主持天下道教以及所有出家人的教务。邱真人回燕京后驻长春宫今北京白云观开坛说戒，弟子四处立观度人，弘道传教，使全真道组织发展到极盛。当时全真道宫观遍布北方各省区，“虽十室之邑，必有一席之奉”。此鼎盛局