面，自丘处机起，历经尹志平、李志常两任掌教，大约三十年。元世祖至元十三年1276平定江南，全国统一。此后，原同源异流而分传于金与南宋的全真道和道教南宗，逐渐认同、融合，至元代中后期，二宗合并的条件渐趋成熟。在南宗大师陈致虚等人的推动下，二宗经过对祖师宗祀的研究，南宗最终并入全真道。合并后的全真道遂成为更大的道派，盖过江南正一道而统领天下道教。明代皇室对佛、道采取抑制、约束政策，对全真道支持较少，在此情势下，统一的全真道渐次分解成诸多支派。主要的有“七真派”，即宗祖马钰的遇仙派，宗祖谭处端的南无派，宗祖刘处玄的随山派，宗祖丘处机的龙门派，宗祖王处一的嵛山派，宗祖郝大通的华山派，宗祖孙不二的清静派等。另外，又有一些全真道士分别组成“五祖派”，即宗祖王玄甫的少阳派，宗祖钟离权的正阳派，宗祖吕洞宾的纯阳派，宗祖刘海蟾的刘祖派，宗祖王重阳的重阳派以及张三丰开创的武当派等。其中的全真武当派则得到了明朝以永乐皇帝为代表的大加推崇。它们的形成时间，最早在明代中国道教协会所在地北京白云观
中后期，多数在明后。
全真道至元代前期，以成吉思汗之召见、崇奉丘处机为契机，在丘处机及其弟子