墨菲斯遇见先知后，先知告诉他想要战胜机器，就必须找到一个人，他才是真正的救世主。
在这样的背景下，电影的真正主角，也就是救世主尼奥出现了
这名叫做尼奥的客从电脑上接到一系列讯息，循着信息他和一名叫做崔妮提的女子接头。崔妮提告诉尼奥，他正处在危险之中，母体正在找他。
第二天，传说中的客墨菲斯给尼奥打来了一通电话，同样的信息也是有人要来抓他说话间，一帮不怀好意的衣人气势汹汹的冲了进来，虽然有墨菲斯的精确引导，但尼奥却依然被衣人给逮捕了。
色西装、墨镜外加耳麦，这副打扮活脱脱的跟保镖有些类似，衣人满不在乎的强迫尼奥帮他们找到恐怖分子墨菲斯，甚至用一只机械昆虫放入尼奥的肚脐眼里面。
在一连串恐怖体验之后，尼奥从噩梦中惊醒，这时墨菲斯打来电话，约尼奥出来见面。墨菲斯对尼奥说，想必你也已经察觉到，这个世界有些不对劲，冰之岛他心中的一个疑问：母体是什么
墨菲斯给尼奥一个机会，让他见识一下母体的真面目，拿出了两粒药丸，红色的药丸会带来真相，蓝色药丸则是让他可以回到日常生活，忘记现在发生的一切。
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