分，“你是否做过这样的梦，尼奥梦中的一切都真切得如同现实一样。要是你无法从这样的梦中醒过来会怎么样你怎么确定自己能分清梦幻世界与真实世界”
这里跟先前林翰写过的盗梦空间有一定的相似之处，梦跟现实如何区分。
言归正传，尼奥在吞下了红色的药丸之后就从睡梦当中醒过来，他诧异的发现自己赤裸身体躺在培养皿里面，身上插满了各种管线，环顾四周，目力所及之处，都是这无穷无尽的培养皿，每个培养皿里面都躺着有人类
震惊的尼奥被冲进下水道，墨菲斯的飞行船将他救起，然后开始给他讲解世界的背景，第一位救世主建立了锡安，当他死后，先知预言了他会再度降临，摧毁母体，结束人和机器的战争，而尼奥就是救世主再世
连接上管线，尼奥直接开始学习各种武术，并且在接下来和墨菲斯的对话中了解到自己可以做的更快，甚至躲开子弹。
在接受了一系列的训练之后，墨菲斯带着尼奥进入母体，面见先知。可先知却含混地否认了尼奥是救世主，这让尼奥心里有些释然。
就在一行人准备下线时，却中了母体的埋伏，作为母体杀毒软件的衣人特工早就在尼奥他们下线的地点设下重重包围
墨菲