斯为了掩护尼奥被捕，同时飞船上的队友也遭到暗算，他们当中出了一个叛徒。
飞船上的墨菲斯还处在睡眠接线当中，如果现实中的他死亡或者掉线的话，那么母体里面被衣人特工抓捕的墨菲斯就会死亡。
这些衣人特工为了从墨菲斯的口中得到锡安的主机密码，他们派出机械乌贼攻击尼奥他们的本体。
尼奥跟崔妮提决定再次进入母体，经过激烈的战斗之后，终于救回墨菲斯
当墨菲斯跟崔妮提成功下线之后，尼尔虽然利用经典的那幕子弹时间躲避子弹，但依然还是不敌特工，再次开始逃亡。
同一时刻，特工们之前派出的乌贼开始入侵船体，能对抗乌贼的只有emp电磁脉冲，但emp会毁掉所有运行中的电子设备，必须等尼奥下线了才能使用。
可是在母体中，尼奥却在最后关头被特工给击毙，虚拟和现实中的尼奥都即将死亡
在崔妮提的一吻之后，母体当中的尼奥以救世主的身份复活了，他掌握了随意修改母体的能力后，他看母体如同看代码，轻易地停住了空中的所有子弹。
作为救世主的尼奥和母体的战争，这也才刚刚开始，后面就是客帝国第二部跟第三部的剧情了